Cho đến ngày 12 tháng 7 năm 1942, sau thắng lợi trong trận Gazala, Tập đoàn Panzer châu Phi (Panzerarmee Afrika) bao gồm các đơn vị bộ binh và cơ giới của Đức và Ý dưới sự chỉ huy của Thống chế Erwin Rommel đã tiến sâu vào đất Ai Cập, đe dọa quyền kiểm soát kênh đào Suez của Đế quốc Anh. Tướng Claude Auchinleck chỉ huy Tập đoàn quân 8 của Anh phải rút lui về phạm vi quanh thành phố Alexandria 80 km, đến một vị trí mà có vùng Đất trũng Qattara trải đến trong vòng 64 km quanh El Alamein bên bờ biển. Vị trí này dễ phòng thủ vì có độ dài mặt trận tương đối ngắn và giúp đảm bảo bên sườn do xe tăng không thể đi qua được vùng Đất trũng. Tại đây, vào đầu tháng 7, đà tiến công của phe Trục đã bị chặn lại trong Trận El Alamein thứ nhất.

Trong tháng 7, Tập đoàn quân 8 nhiều lần phản công nhưng đều thất bại vì Rommel đã tiến hành chấn chỉnh giúp đội quân kiệt sức của ông ta tập hợp lại được. Đến cuối tháng 7, Auchinleck cho hủy bỏ mọi hoạt động tấn công nhằm xây lại lực lượng. Qua đầu tháng 8, thủ tướng Anh Winston Churchill và Đại tướng Sir Alan Brooke —tổng tham mưu trưởng Đế quốc Anh— ghé thăm Cairo và đã đưa đại tướng Sir Harold Alexander lên thay chức vụ Tổng tư lệnh Trung Đông của Auchinleck. Trung tướng William Gott được chọn làm chỉ huy Tập đoàn quân 8, nhưng ông đã chết trước khi nhận nhiệm vụ do máy bay chở ông bị không quân Đức bắn rơi. Trung tướng Bernard Montgomery do đó được cử làm tư lệnh Tập đoàn quân 8.

Trong lúc này quân Đức đang phải đối mặt với vấn đề các tuyến đường tiếp tế bị kéo xa quá mức. Đồng thời, nhận thức được nguồn lực tiếp viện hùng hậu cả về người và phương tiện của quân Đồng Minh đang trên đường đến ặt trận, Rommel đã quyết định tấn công quân Đồng Minh trước khi họ kịp hoàn thành việc tăng cương lực lượng. Hai sư đoàn thiết giáp thuộc Quân đoàn châu Phi cùng một lực lượng tạo thành từ các đơn vị trinh sát thuộc Tập đoàn Panzer châu Phi làm mũi nhọn tiên phong tấn công, nhưng đến ngày 30 tháng 8 năm 1942, quân Đồng Minh đã chặn đứng họ tại đỉnh Alam el Halfa và Điểm 102. Đây là trận chiến thứ hai diễn ra tại tuyến Alamein, Trận Alam el Halfa (thường bị gọi nhầm thành Alam Halfa). Cuộc tấn công bị thất bại, Tập đoàn Panzer châu Phi quay sang củng cố để chờ đợi một đòn phản công từ Tập đoàn quân 8 của Montgomery.

Những yếu tố thuận lợi cho kế hoạch phòng ngự của Tập đoàn quân 8 trong trận El Alamein thứ nhất -trận tuyến ngắn và bảo đảm bên sườn- bây giờ trở thành có lợi cho quân phòng thủ phe Trục.[6] Hơn nữa, Rommel có nhiều thời gian để chuẩn bị các vị trí phòng ngự và bố trí các bãi mìn dày đặc (xấp xỉ 500.000 quả mìn)[6] cùng dây kẽm gai. Alexander và Montgomery quyết tâm tạo cho được ưu thế áp đảo về lực lượng, không chỉ nhằm tạo được một bước đột phá mà còn để khai thác nó và tiêu diệt Tập đoàn Panzer châu Phi. Trong tất cả các trận đụng độ trước đó tại Sa mạc Tây kể từ năm 1941, chưa bao giờ bên thắng trận có đủ lực lượng để phát huy chiến quả nhằm một cách triệt để: bên thua vẫn luôn có thể rút lui và tái tập hợp lại gần các căn cứ tiếp tế chính của mình.

Sau 6 tuần lễ tập hợp lực lượng, Tập đoàn quân 8 của Anh đã sẵn sàng tấn công. Quân của Montgomery gồm 220.000 lính, 1.100 xe tăng đã mở cuộc tấn công vào quân của Rommel gồm 115.000 lính và 559 xe tăng thuộc Tập đoàn Panzer châu Phi.